По данным Междунар. комиссии по защите Дуная, полученным для всей длины реки и ее притоков, качество воды за последние 10 лет улучшилось, однако эта задача продолжает оставаться основной. Содержание орг. в-в значительно уменьшилось по сравнению с пиком конца 80-х г.г., особенно в притоках; наиболее высоким оно оказалось ниже Будапешта, а максимальное биол. загрязнение отмечено в притоках на территории Болгарии и Румынии; в Болгарии установлено несколько "горячих точек" загрязнения тяжелыми металлами. Рассматривается возможность расширения кооперации стран бассейна по улучшению качества воды (и прежде всего предотвращения аварии нефтяных танкеров).